Realizzato in marmo policromo nella prima metà del 1700  (consegnato nel 1729) l'altare maggiore è un'opera monumentale di grande interesse. Autore ne è lo scultore genovese Giuseppe Massetti,  alla cui maestria è stata affidata anche la costruzione dei gradini, della balaustra e dei leoni posti ad inizio della scalinata.
Suoi anche i simulacri che sovrastano l'altare: si tratta di una rappresentazione della Vergine Maria totalmente in marmo bianco (foto 1), collocata nella parte centrale ed affiancata da due angeli imploranti ai lati. La Vergine è rappresentata in piedi sopra una mezzaluna che -a sua volta- sovrasta la Terra e la testa di un drago schiacciato dalla Madre Celeste.
Intorno, degli angioletti fanno da corollario (foto 4). 

Gli estremi dell'altare sono retti da altre due statue di angeli sulla cui testa viene scaricato parte del peso del monumento (foto 2 e 11).

L'altare ingloba, com'era normale prima del Concilio Vaticano II, anche il tabernacolo (foto 1). 

Da sottolineare la meravigliosa fattura del nuovo altare, realizzato dopo il suddetto Concilio, ed in particolare del paliotto, realizzato con una grande lastra di argento finemente lavorata.

Il complesso presbiteriale risulta sollevato dal piano delle navate: ai lati della scala principale la balaustra si conclude sulla schiena di due leoni in marmo (foto 6 e 9), ciascuno dei quali guarda verso la navata più vicina. Ai loro piedi stanno due aquile.

I lati della scalinata principale riprendono i motivi già presenti nell'altare maggiore. La grande maestria dell'esecutore dell'opera può essere apprezzata osservando le foto 9 10, 12, 14 e 15: si noti in particolare come il centro del motivo risulti sollevato rispetto alla parte circostante, raggiunta grazie ad una dolce connessione.

Alle spalle dell'altare il presbiterio ospita un imponente coro realizzato completamente in legno ne completa l'insieme (foto dal 16 al 22).

Tra gli elementi presenti da evidenziare il faldistorio, sorta di poltroncina priva di schienale, utilizzato dal vescovo davanti all'altare in occasione di particolari solenni cerimonie, dono dell'illustre algherese mons. Alberto Mella di Sant'Elia, maestro di camera del Santo Padre che servì diversi pontefici, da Leone XII sino a  Pio XII. La dedica è incisa su due pomelli gemelli posti sui braccioli (foto 23).

Inoltre è possibile trovare l'antico "Antiphonarum romanum" stampato a Torino nel 1873 (foto 24),