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Della chiesa di San Michele si ha notizia già
dalla seconda metà del XIV sec., quando viene riportata in una mappa della città disegnata
nel febbraio del 1364 dal notaio Fuyani...
Costruita a navata unica con transetto, completi di cappelle
su entrambi i lati, officiata dal clero secolare sin dalla sua fondazione, per
lunghi anni subì alterne vicende, sino a divenire cattedrale pro tempore nel
1503, allorché Alghero venne eletta sede vescovile.
Fu
il vescovo Andrea Bacallar a cedere l'edificio di culto alla Compagnia di Gesù,
la quale fondò, anche grazie ad un lascito del generale Ferret l'annesso
collegio gesuitico.